本文以加入手机保护神2.56版为例，说明如何编辑ROM加入文件及注册表信息。对相关工具的使用有较为详细的说明。（此方法来源于网络）
步骤如下：
1、搭建一个和unix shell的环境，解开romtools工具包，执行目录中的ActivePerl-5.8.7.813-MSWin32-x86-148120.msi安装，在命令行(运行CMD)，定位到romtools解压的文件夹，运行ppm install XdaDevelopers-CompressUtils.ppd。
2、用工具HTC64 Extended ROM Tool.exe把nk.nbf，点Decode按钮，解开为NK.FAT和nk.prj。这个文件是包含BOOTLOADER的文件，长度十六进制40000，即文件开头的0-3ffff字节。我们需要将BOOTLOADER分离出去。
用十六进制编辑器打开nk.fat,将前40000长度的内容复制出来，保存为bootload.fat备用，将刚才打开并选中bootload的nk.fat的bootload部分删除，存储为不带bootload的文件，名字仍为nk.fat。
3、用dump.exe把解开的nk.fat解压看到rom里面真正的文件：建立存储ROM文件的目录，如ROM，在命令行中，输入dump.exe -d ROM nk.fat。
4、（该步骤是加入手机保护神的方法，包括注册表文件，可在硬启后实现远程控制）。
在手机上运行手机保护神软件，配置好，包括注册卡，设置短信接受者、自启动、进入密码、远程控制密码、注册等。
将保护神文件主程序LockAppp.exe、配置文件config.ini、DLL文件smsrule.dll)和在启动组中建立的快捷方式（Lockapp.lnk）加入到ROM中，(比如这些文件事先放在事先建好的目录ABC中)。
下面说说修改注册表的方法：
①、将已解开ROM中的mxip_KERNEL_100.rgu复制一份到ABC目录，用记事本打开，在末尾加上手机保护神的注册表信息：
[HKEY_CLASSES_ROOT\CLSID\{20F58816-51E4-418D-92DD-8390021DCDCA}\InprocServer32]
@="smsrule.dll"
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Inbox\Svc\SMS\Rules]
"{20F58816-51E4-418D-92DD-8390021DCDCA}"=dword:00000001
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Mycnknow]
"LockAppPath"="\\Windows\\LockAppp.exe"
"Password"="XXX"
（注：最后一行的"Password"后的“XXX”是加密后的远程控制密码，请根据手机运行保护神后注册表中的实际情况填写。以上注册表内容可是我向原作者请教了许久才知道的哦，不容易呀。）将此文件亦保存在ABC目录中备用。
②、将已解开ROM中的initobj.dat复制到ABC目录中，用记事本打开，加入一行：
Directory("\Windows\启动"):-File("Lockapp.lnk", "\Windows\Lockapp.lnk")
使WINDOWS目录中的快捷方式task.lnk能定向到“\Windows\启动”目录中，保存。
这里要千万注意，因为是中文ROM，需要进行转换。如果用记事本保存后直接替换刷机因格式不对，导致系统找不到windows等目录不能开机。
我们用十六进制编辑器打开刚才用记事本保存在ABC目录中的initobj.dat，删除头部多了内容为“FFFE”字节，然后用RomMaster.exe加到ROM中即可。
整个过程命令如下：
RomMaster.exe -x -ac abc\config.ini -o 1 nk.fat
RomMaster.exe -x -ac abc\LockAppp.exe -o 2 1
RomMaster.exe -x -ac abc\smsrule.dll -o 3 2
RomMaster.exe -x -a abc\Lockapp.lnk -o 4 3
RomMaster.exe -x -d mxip_KERNEL_100.rgu -o 5 4
RomMaster.exe -x -d initobj.dat -o 6 5
RomMaster.exe -x -ac abc\mxip_KERNEL_100.rgu -o 7 6
RomMaster.exe -x -ac abc\initobj.dat -o 8 7
注：以上命令中如不加-x参数，生成的新ROM文件的大小将不是23C0000的ROM长度，导致出错，另外加LNK的快捷方式时不能用-ac参数，只能用-a参数。第5个到第8个命令，分别是删除ROM中旧的并加入新的注册表文件mxip_KERNEL_100.rgu、定向快捷方式的文件initobj.dat。上述八行命令分别生成文件名为1-8的ROM文件，最后的8是有用的。
5、将最终生成的ROM文件改名为nk.fat,用Hex Workshop打开它和打开bootload.fat，全选bootload.fat复制，将光标停在nk.fat的0字节处，粘贴确认插入bootload.fat的内容，保存。
6、用HTC64 Extended ROM Tool.exe，点Encode按钮，生成NK.NBF。（这过程中会提示ROM大小不对，不要管它，确定即可生成）
7、刷机。
附：
Rommaster.exe 命令实例(WM2003的系统对ROM作增删替换文件操作时均要加-x参数，否则生成的ROM会去掉最后的00，减小文件长度，导致出错。这个命令只能一个文件一个文件的加，可考虑做成批处理方式执行。)：
替换文件RomMaster.exe -x -d commdlg.dll.0409.mui -a se\commdlg.dll.0804.mui -o 1 nk.fat
删除文件
RomMaster.exe -x -d commdlg.dll.0409.mui -o 1 nk.fat
删除模块（如果用－D参数不能删除的请用－DM参数）
RomMaster.exe -x -dm commdlg.dll -o 1 nk.fat
查看rom空间
RomMaster.exe -v3 nk.fat
所需改ROM软件见附件（十六进制编辑器就自己找吧，呵呵，应该说清楚了吧？）。
解压密码dpdbbs
附件: 游客无法下载或查看附件，请您注册。步骤如下：
1、搭建一个和unix shell的环境，解开romtools工具包，执行目录中的ActivePerl-5.8.7.813-MSWin32-x86-148120.msi安装，在命令行(运行CMD)，定位到romtools解压的文件夹，运行ppm install XdaDevelopers-CompressUtils.ppd。
2、用工具HTC64 Extended ROM Tool.exe把nk.nbf，点Decode按钮，解开为NK.FAT和nk.prj。这个文件是包含BOOTLOADER的文件，长度十六进制40000，即文件开头的0-3ffff字节。我们需要将BOOTLOADER分离出去。
用十六进制编辑器打开nk.fat,将前40000长度的内容复制出来，保存为bootload.fat备用，将刚才打开并选中bootload的nk.fat的bootload部分删除，存储为不带bootload的文件，名字仍为nk.fat。
3、用dump.exe把解开的nk.fat解压看到rom里面真正的文件：建立存储ROM文件的目录，如ROM，在命令行中，输入dump.exe -d ROM nk.fat。
4、（该步骤是加入手机保护神的方法，包括注册表文件，可在硬启后实现远程控制）。
在手机上运行手机保护神软件，配置好，包括注册卡，设置短信接受者、自启动、进入密码、远程控制密码、注册等。
将保护神文件主程序LockAppp.exe、配置文件config.ini、DLL文件smsrule.dll)和在启动组中建立的快捷方式（Lockapp.lnk）加入到ROM中，(比如这些文件事先放在事先建好的目录ABC中)。
下面说说修改注册表的方法：
①、将已解开ROM中的mxip_KERNEL_100.rgu复制一份到ABC目录，用记事本打开，在末尾加上手机保护神的注册表信息：
[HKEY_CLASSES_ROOT\CLSID\{20F58816-51E4-418D-92DD-8390021DCDCA}\InprocServer32]
@="smsrule.dll"
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Inbox\Svc\SMS\Rules]
"{20F58816-51E4-418D-92DD-8390021DCDCA}"=dword:00000001
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Mycnknow]
"LockAppPath"="\\Windows\\LockAppp.exe"
"Password"="XXX"
（注：最后一行的"Password"后的“XXX”是加密后的远程控制密码，请根据手机运行保护神后注册表中的实际情况填写。以上注册表内容可是我向原作者请教了许久才知道的哦，不容易呀。）将此文件亦保存在ABC目录中备用。
②、将已解开ROM中的initobj.dat复制到ABC目录中，用记事本打开，加入一行：
Directory("\Windows\启动"):-File("Lockapp.lnk", "\Windows\Lockapp.lnk")
使WINDOWS目录中的快捷方式task.lnk能定向到“\Windows\启动”目录中，保存。
这里要千万注意，因为是中文ROM，需要进行转换。如果用记事本保存后直接替换刷机因格式不对，导致系统找不到windows等目录不能开机。
我们用十六进制编辑器打开刚才用记事本保存在ABC目录中的initobj.dat，删除头部多了内容为“FFFE”字节，然后用RomMaster.exe加到ROM中即可。
整个过程命令如下：
RomMaster.exe -x -ac abc\config.ini -o 1 nk.fat
RomMaster.exe -x -ac abc\LockAppp.exe -o 2 1
RomMaster.exe -x -ac abc\smsrule.dll -o 3 2
RomMaster.exe -x -a abc\Lockapp.lnk -o 4 3
RomMaster.exe -x -d mxip_KERNEL_100.rgu -o 5 4
RomMaster.exe -x -d initobj.dat -o 6 5
RomMaster.exe -x -ac abc\mxip_KERNEL_100.rgu -o 7 6
RomMaster.exe -x -ac abc\initobj.dat -o 8 7
注：以上命令中如不加-x参数，生成的新ROM文件的大小将不是23C0000的ROM长度，导致出错，另外加LNK的快捷方式时不能用-ac参数，只能用-a参数。第5个到第8个命令，分别是删除ROM中旧的并加入新的注册表文件mxip_KERNEL_100.rgu、定向快捷方式的文件initobj.dat。上述八行命令分别生成文件名为1-8的ROM文件，最后的8是有用的。
5、将最终生成的ROM文件改名为nk.fat,用Hex Workshop打开它和打开bootload.fat，全选bootload.fat复制，将光标停在nk.fat的0字节处，粘贴确认插入bootload.fat的内容，保存。
6、用HTC64 Extended ROM Tool.exe，点Encode按钮，生成NK.NBF。（这过程中会提示ROM大小不对，不要管它，确定即可生成）
7、刷机。
附：
Rommaster.exe 命令实例(WM2003的系统对ROM作增删替换文件操作时均要加-x参数，否则生成的ROM会去掉最后的00，减小文件长度，导致出错。这个命令只能一个文件一个文件的加，可考虑做成批处理方式执行。)：
替换文件RomMaster.exe -x -d commdlg.dll.0409.mui -a se\commdlg.dll.0804.mui -o 1 nk.fat
删除文件
RomMaster.exe -x -d commdlg.dll.0409.mui -o 1 nk.fat
删除模块（如果用－D参数不能删除的请用－DM参数）
RomMaster.exe -x -dm commdlg.dll -o 1 nk.fat
查看rom空间
RomMaster.exe -v3 nk.fat
所需改ROM软件见附件（十六进制编辑器就自己找吧，呵呵，应该说清楚了吧？）。
解压密码dpdbbs
